Основными возбудителями корневых гнилей являются грибы и грибоподобные организмы из родов Fusarium, Pythium и Rhizoctonia. Особое значение имеет фузариозная гниль донца, вызванная F. oxysporum f. sp. cepae, а также розовая гниль корней, возбудителем которой выступает Phoma terrestris. Инфекция поражает растение в полевых условиях, а также способна развиваться при хранении луковиц.
При фузариозе наблюдается пожелтение и усыхание листьев с кончиков, размягчение донца, отмирание корней и появление характерного налета мицелия. Розовая гниль корней характеризуется приобретением корнями специфического розового оттенка с последующим их усыханием, что приводит к легкому извлечению растения из почвы из-за деградации корневой системы. Ранние стадии поражения всходов часто классифицируются как черная ножка.
Выделение общепринятых рас или специфических генов устойчивости к данным патогенам у лука репчатого на текущий момент не описано. Селекционная работа ведется путем оценки линий на естественном инфекционном фоне или посредством маркер-опосредованного отбора, а в характеристиках сортов устойчивость к фузариозу указывается как комплексный признак.